Koldioxidutsläpp som härstammar från biomassa uppstår vid förbränning av biomassa. Också biologisk nedbrytning t.ex. på avstjälpningsplatser och vid behandling av avloppsvatten orsakar biogena CO2-utsläpp, men dessa uppskattas inte separat. Till biomassa räknas t.ex. trä, biogas, avloppsslam och biologiskt nedbrytbart avfall. I Finland orsakas största delen av de biogena CO2-utsläppen inom skogsindustrin vid förbränning av svartlut; också annan energiförbränning av trä är en stor källa. De biogena CO2-utsläppen från förbränningen räknas inte som utsläpp från energisektorn inom ramen för inventeringen av växthusgaser, eftersom de ingår i kollagerförändringar inom markanvändningssektorn.